- Geschäftsprüfungskommission: die GPK prüft die Geschäftsführung des Bundesrates, der Bundesverwaltung und weiterer Träger von Bundesaufgaben mittelst Inspektionen, Abklärungen, Behandlung von Jahres- und Geschäftsberichten (insbesondere des Bundesrates und der eidgenössischen Gerichte). Als Überwachungsorgan der höchsten staatlichen Instanzen ist die GPK noch mehr der Vertraulichkeit verpflichtet als die Sachbereichskommissionen.
- Staatspolitische Kommission (seit 2015): die SPK beschäftigt mit Themen wie Gewaltentrennung, die Verteilung der Aufgaben zwischen der Bundesversammlung und dem Bundesrat, zwischen dem Bund und den Kantonen, die politische Rechte, die Rolle des Staates bei der Bildung der öffentlichen Meinung, die Rechte der Bürger, das Ausländer und Asylrecht, der Datenschutz sowie das Verhältnis zwischen Kirche und Staat.
- Begnadigungskommission (seit 2011): diese Kommission ist für die Begnadigungen in Bezug auf vom Bundesstrafgericht oder von einer Bundesbehörde ausgesprochene Urteile sowie auf Urteile des Bundesgerichts betreffend Militärstrafrechtliche Verfahren verantwortlich. Nachdem der Bundesrat die Eingabe geprüft und eine Empfehlung verabschiedet hat, prüft die Kommission die Eingabe und leitet sie dann an die Bundesversammlung für einen definitiven Entscheid mit einer Empfehlung weiter.
Ehemalige Kommissionen:
- Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen (2013-2015): die KVF behandelt sehr verschiedene Themen, wie die öffentliche Verkehrspolitik und Strassenpolitik, (braucht es eine zweite Gotthardröhre?), die Post, Swisscom oder auch die SRG.
- Geschäftsprüfungskommission (2011-2013).